Следующим тяжелейшим испытанием для прославленного соединения, как и для всей Советской АрмииВС СССР, сталАфганистан. В ночь с 27-го на 28 декабря в Афганистан, изКушки, вошла5 гв.мсд(командиргенерал-майорЮ. Шаталин) по маршрутуГерат —Шинданд(приданный дивизии батальон56 гв.дшбрещё 26 декабря взял под контроль перевал Рабати-Мирза, между Кушкой и Гератом). 26 декабря 20 часов командир5 гв.мсдгенерал — майора Ю. В. Шаталин отдает приказ на пересечение госграницы с Афганистаном. Дивизия выдвигалась из Кушки, Тахта — Базара, иИолотани. В установленное время части5 гв.мсдвышли в будущие пункты дислокации возле городов: — Герат, Шинданд,Кандагар, штаб дивизии располагался под Шиндандом. Первые потери составили два человека. . Но в самом начале все было довольно мирно. Вспоминает командир дивизии, а в будущем главнокомандующийВнутренних войск МВДРоссии генерал-полковник Юрий Васильевич Шаталин:
«Это случилось на рассвете 27 декабря. Удивился: 5 часов утра, а на улицах полно народа с цветами. Оказалось, встречают„шурави“, как стали называть нас, советских воинов. Такая же теплая встреча была и в других городах и селениях на севере Афганистана».
С лета 1980 г.5 гв.мсдначала участвовать в рейдовых боевых действиях против бандформирований. Всего за период афганской войны участвовала в 156 плановых и неплановых боевых действиях.
В октябре-декабре 1981 года, вся 5-я мотострелковая дивизия стала небоеспособной, когда более 3-х тысяч человек (более четверти всего личного состава) одновременно заболелогепатитом. Среди заболевших были командир дивизии, большинство офицеров штаба, и двое из четырёх командиров полков.
15 февраля 1989 года последнее подразделение40-й армиии с ним командующий армиейгенерал-полковникБ. В. Громов покинуло Афганистан. Вывод войск на Западном направлении осуществлялся двумя методами: по воздуху (перевезено — 5 142 человека) и наземным путем (6 986 чел.) 10 колоннами из 4 гарнизонов (Шинданд, Адраскан, Герат, Турагунди). Всего выводилось 49 частей, общей численностью 11 907 человек, 2 016 единиц боевой техники, 45 боевых самолётов. Вывод осуществлялся по одному маршруту Шинданд — Турагунди, своим ходом.
За всюАфганскую войнучетверо военнослужащих5-й гвардейской мотострелковой дивизиибыли награждены звездой Героя Советского Союза, награждено орденами и медалями 12 825 чел. С мая 1988 г. в дивизии согласно Женевским соглашениям началась подготовка выводу частей из Афганистана. Вывод5-й гв. МСДиз гарнизона Шинданд - Герат — Туругунди — Кушка начался согласно графику 29 января 1989 г. последними вышлиотдельная разведрота371-го мспиотдельная разведрота101 мспвывод дивизии завершился 15 февраля 1989 г. Дивизия стала на место постоянной дислокации в г.Кушка. Общиебезвозвратные потеридивизии с 27.12. 79 по 15.02.89 г.г. составили: 1 135 (из них 910 на боевых) человек,