История ВУЗа заложена решением коллегии ОГПУ от 26 декабря 1931 г. об открытии в пригороде Харькова поселке Померках нового учебного заведения пограничного профиля с названием — Вторая нормальная школа пограничной охраны и войск ОГПУ. В апреле 1938 г. школа переименована в Харьковское военное училище пограничных и внутренних войск НКВД им. Ф. Э. Дзержинского со сроком обучения два года. А в октябре наименование: Алма-Атинское пограничное военное училище им. Ф. Э. Дзержинского. 2 апреля 1957 г. согласно совместному приказу МВД/КГБ учебное заведение передано из ведения МВД в КГБ. Срок обучения — 3 года. 15 июля 1960 г. приказом КГБ при СМ СССР от 22 января 1960 учебное заведение преобразовано в Алма-Атинское высшее пограничное командное училище (с 4-летним сроком обучения). В августе 1961 года в училище состоялся последний выпуск офицеров с трехгодичным сроком обучения, занимавшихся по программе среднего военного учебного заведения. В ААВПКУ завершали обучение курсанты 1-го и 2-го курсов расформированного в 1960 г. Калининградского ВПКУ.
Академия Пограничной службы КНБ Республики Казахстан создана на базе Высшего пограничного командного Краснознамённого ордена Октябрьской Революции училища КГБ СССР имени Ф. Э. Дзержинского, которое с образованием пограничных войск Казахстана было переименовано в Высшее пограничное командное училище Комитета национальной безопасности Республики Казахстан. В 1993 году на его базе образован Военный Институт КНБ РК с 5-летним сроком обучения и введением программы высшего юридического образования для выпускников. В 1995—1997 годах — Военный институт пограничных войск Республики Казахстан.
В 1997 году юридическое образование для слушателей отменено, кафедры юридических дисциплин расформированы, Военный институт вновь преобразован в Высшее пограничное командное училище Вооруженных Сил Республики Казахстан с 4-летним сроком обучения курсантов. С 26 июня 1999 года согласно Указу президента учебное заведение было вновь реорганизовано в Военный институт КНБ РК[1]. С 2010 г. — Пограничная академия КНБ РК. Указом Президента Республики Казахстан от 13 марта 2012 года № 282 Пограничная академия КНБ РК переименована в Академию Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан.[2] | 
